1.河道水環境污染治理狀況嚴重

隨著工農業的發展，產業的轉移，高耗水，高污染的企業向西部轉移，向農村轉移，相應的用水和污水排放相應的加大，農村河道污染治理面臨著用水量和排污量加大的矛盾，各個利益部門又都是希望自己的利益最大化，很難站在全流域和長遠的角度進行決策，流域上下游、左右岸之間的利益沖突將凸顯，缺乏必要的利益協調機制。

2.河道被占用和堵塞嚴重，暢通工程任務艱巨

伴隨著經濟社會的快速發展和城市化進程的加快，河道水系被打散打亂，在發展交通道路，特別是經濟開發區的開發過程中，缺乏對河道的有效保護，隨意占用調蓄水面、填堵引排河道、侵占河湖水面事件時有發生；大量泥沙和有害物質的沉積加快了河道淤積和污染；以暢通河道為主的河網水系恢復工程任務艱巨，想要恢復到20世紀70年代的河網水系和水質狀況需要付出幾倍的物力、材力。

3.傳統的河道治理，破壞了水環境生態系統，導致水災加劇，生物多樣性消失

傳統的河道治理主要是考慮防洪和排澇，從水力學角度通過改善河道的水力性能，達到行洪排澇的目地，在局部范圍內能對減輕水災起到了一定的作用，但是忽視了洪水的不可消除性，反而使水災向下游轉移，使下游洪水頻發，加劇了防汛薄弱地帶的水災問題，主要表現在兩方面：一方面由于除險加固后的河道大都是裁彎改直，增加了河岸水力性能，使水流流速加快，水體動能增加，水流具有更強的破壞力，另一方面，防洪堤建造與河床的深挖嚴重破壞了河道的自然結構，使大面積河灘、河岸植被、洼地等消失，導致了河道內在滯洪功能消失，加劇了流域水災的危害性和嚴重性。此外，傳統的河道治理大部分采用的是漿砌塊石和埋石砼，嚴重的破壞了河道的自然結構，使河岸的植被帶被隔斷，使水、土、植物、生物等之間形成的物質和能量循環系統被徹底破壞，不僅切斷了地下水的補充通道，使地下水位不斷下降：而且使生物生態環境破壞，許多生物無處安身，物種隨之消失，自然河道形態彎曲，河床起伏，水流有緩有急，形成了豐富多樣的生態環境組合，為生物的多樣性提供適宜的生存環境，但是漿砌塊石和砼的擋墻和護坡的建設，室息了土壤的呼吸，抑制了植物的生長和魚類的生存，減弱了水體的自凈能力，降低了河流的環境容量，加上社會的發展，人們的生活用水和污染物的增加，導致了河流水質惡化。

4.河道管理權限和責任不清，管理體制不明確

農村河道管理工作點多、面廣，涉及行業較多，任務繁重，河道管理體制長期存在著“多龍管水，職責不清”的現象，造成河道的開發、利用、保護、管理各環節之間協調困難，目前農村河道長效管理工作只有大一點的河道由各級水行政主管部門管理，且水行政執法地位不高，權威尚未樹立起來，在部分的農村河道都是由鄉鎮、村級等機構管理，管理體制不順，個別地區作為主管部門的水利站管理職責被弱化，甚至已排除在河道管理主體之外，造成條線管理不順，很難將一些管理要求貫徹下去，依法治水的難度較大，致使不少侵占河道、污染河水等違法行為無法得到及時嚴肅的查處，助長了涉水違法現象的滋生和蔓延。同時鎮與鎮，村與村之間的交界河道還不夠明確，制約了長效管理工作有效開展。